Храм построен в 1784 г. как соборная часовня старообрядческой общины федосеевского толка (арх. Ф.К.Соколов, некоторые источники приводят авторство В.И.Баженова). В 1857 г. после пристройки алтарной апсиды храм был освящен как единоверческий свт. Филаретом, митр. Московским (придел свт. Николая в трапезной был освящен в 1854 г.). В 1866 г. храм стал собором учрежденного при нем единоверческого Никольского монастыря. От монастырских построек сохранились: храм Воздвижения Креста Господня (нач. XIX в., арх. Ф.К.Соколов, освящен в 1854г. из старообрядческой молельни), колокольня (1876-1879 гг., арх. А.М.Горностаев), корпуса келий (1801 г.).

В 1920-х гг. монастырь был закрыт, в 1930-х гг. его стены были сломаны. В 1920-х гг. храм перешел к обновленцам, которые продали переднюю часть храма старообрядцам новопоморского толка, занимающим ее и поныне.

Трапезная часть храма с двумя приделами принадлежит православному приходу. В интерьере сохранились иконы XV-XVII вв.

… Только после 1917 года, года свержения царского самодержавия, в эпоху диктатуры пролетариата, новой Советской Республики рабочих и крестьян, после издания Совдепом указа о свободном вероисповедании и отделении церкви от государства Поморцам удалось у обновленцев Единоверческого Никольского монастыря выкупить в 1922 году центральную часть Успенского храма (мужской двор Преображенского монастыря), где проходят сегодня службы беспоповцев, брачного согласия.

Небольшое замечание:
23 января 1918 г. был опубликован декрет советского государства "Об отделении Церкви от государства и школы от Церкви". Этот декрет объявил Церковь не имеющей права на частную собственность, а все храмы были объявлены принадлежащими государству. Церковные приходы были обязаны заключать договор аренды на использование храмового здания с государственными органами (которые под разными предлогами очень часто отказывались заключать договор аренды). И поэтому без согласования с советскими чиновниками, ни полностью ни частично храм не мог перейти к старообрядческой общине. Есть предание, о том, что советская власть закрыла Никольский монастырь, а храм Свт. Николая на Преображенском кл-ще в дальнейшем предполагалось полностью уничтожить. Но нашлись предприимчивые старообрядцы которые заплатили деньги в первую очередь советским чиновникам и потом возможно и обновленческому приходу (чтобы те не сильно возмущались) и таким образом выкупили (у советского государства) часть храма свт. Николая.